מחקרים

RESEARCH

מה מעניין אותך?

כל הנושאים
אדריכלות
אומנויות
אוקיאנוגרפיה
אנרגיה
אסתטיקה
אקולוגיה
אקלים
ביוטכנולוגיה
ביולוגיה
בריאות הציבור
גיאוגרפיה
גיאולוגיה
גיאופיזיקה
הידרוכימיה
הנדסה
זואולוגיה
זיהום אוויר
חינוך
חישה מרחוק
כימיה
כלכלה
מדיניות ציבורית
מדע המדינה
מדעי הצמח
מוח
מים
מיקרוביולוגיה
משפטים
מתמטיקה
ניהול
סביבה
סוציולוגיה
עבודה סוציאלית
פיזיקה
פילוסופיה
פסיכולוגיה
פסיכיאטריה
קהילה
קוגניציה
קרקע
שיווק
תחבורה
תכנון
תקשורת
תרבות

מחקר

07.04.2021
התמודדות חיידקים עם שינויי טמפרטורה: תפקוד חלבון עקת הקור CspC בחיידקי

אור גופר

המנחים: פרופ' אליאורה רון ופרופ' עבדאלסלאם עאזם

  • ביוטכנולוגיה
  • בריאות הציבור
  • מיקרוביולוגיה
  • סביבה

שינויי האקלים והשפעותיהם הם "הנושא החם" בתחום מדעי הסביבה כיום. שינויי האקלים מובילים גם לתנאי מזג אוויר חריגים, וביניהם עליית טמפרטורה באזורים מסוימים. עליית הטמפרטורה מצריכה הסתגלות מצד כלל האורגניזמים, בכל הרמות האקולוגיות – החל מהיונק הגדול ביותר ועד לרמת החיידק. חיידקי  Escherichia coli מתמודדים עם שינויי הטמפרטורה בעזרת חלבונים ספציפיים, שתפקידם לאזן את מנגנוני הבקרה השונים ולאפשר את הישרדות החיידק. בעבודה זו חקרתי שני חלבונים ממשפחת חלבוני עקת הקור בחיידק – CspC ו-CspE, ואת האינטראקציה ביניהם. רמת החלבון CspC עולה בחיידק לאחר עקת חום, ואילו  cspE מתפקד בתור Housekeeping gene, ואחראי לתפקידים רבים בתא. במחקר נבחנה ההיפותזה שקיים קשר ישיר בין שני חלבונים אלו. כתמיכה להיפותזה זו, מבחני qPCR הראו שבזן מוטנט בו קיים חסר של הגן cspC -  ∆cspC - חלה ירידה בכמות תעתיקי  cspE, ובזן שביטא ביתר את  cspC חלה עלייה בכמות תעתיקי  cspE. בנוסף, מבחן יציבות mRNA שבוצע בזן  ∆cspC הראה קצב פירוק מהיר יותר של תעתיקי  cspE אל מול זן הבר. תוצאות אלו מראות שהחלבון CspC מבקר את כמות החלבון CspE ברמת ה-mRNA.

תמיכה נוספת להיפותזה זו היא בכך שבפעם הראשונה נראה קישור בין החלבון CspC ל-cspE mRNA. הוכחת הקישור התאפשרה אודות לפיתוח שיטה פשוטה לבחינת אינטראקציות חלבון-חומצות גרעין: ראשית, במקום הפקת החלבון מתוך חיידקים, פעולה שיכולה לארוך זמן רב ולגזול משאבים רבים, החלבון הופק באופן סינתטי. הודות לכך שהחלבון CspC הוא חלבון קטן יחסית, עלות ההפקה שלו הייתה נמוכה וזמן ההפקה קצר יחסית. החלבון הסינתטי שהופק זהה לחלבון מהחי מבחינת הרכב חומצות האמינו שבו. שנית, בעבודה זו פותח ויושם פרוטוקול המאפשר בחינת אינטראקציית חלבון-חומצת גרעין, באמצעים פשוטים יחסית, ללא השקעת זמן רב, תוך קבלת תוצאות ברזולוציה טובה. הפרוטוקול שפותח כולל mRNA In-vitro transcription, הדגרה של ה-mRNA יחד עם חלבון נקי במבחנה, והרצה על גבי ג'ל. השימוש בחלבון נקי אפשר לבחון את הקישור בין החלבון לחומצת הגרעין, אשר נראה בפעם הראשונה על גבי ג'ל Polyacrylamide.  הקישור נצפה עקב היכולת לראות האטה בקצב ההתקדמות של חומצת הגרעין. התוצאות פותחות את דלת לעריכת ניסויים נוספים על מנגנון ההשפעה ההדדית של שני החלבונים CspC  ו-CspE.

מחקר

24.03.2021
השפעות סביבתיות כתוצאה מייעול תהליך הפקת האתנול מאצת Ulva sp. בתהליך התססה דו

עמיחי גיליס

המנחים: פרופ' אלכס גולברג ופרופ' מרטין קופייק

  • אוקיאנוגרפיה
  • ביוטכנולוגיה
  • מיקרוביולוגיה
  • סביבה

הגידול באוכלוסיית העולם עם העלייה בתוחלת החיים ואיכותם הביאו לעליה בשימוש בדלק מאובן. שימוש בדלק מאובן גורם לזיהום אוויר, תחלואה והגדלת אפקט החממה, כמו כן זהו משאב מתכלה ולכן ישנה חשיבות רבה במעבר לשימוש באנרגיה מתחדשת וביו-דלקים. 
ביו-אתנול הוא הדלק המתחדש הנפוץ בעולם לתחבורה. ביו-אתנול ניתן להפיק ממספר מקורות פחמן כגון תירס, קני סוכר ואצות. שימוש באצה כחומר גלם להפקת אתנול יכול להוות  פתרון סביבתי כיוון שאצות גדלות בים ואינן צורכות שטחי חקלאות ומים מתוקים. בעבודה השתמשנו באצה מזן Ulva sp. (חסנית) כמקור פחמן להפקה של אתנול. ל-.Ulva sp יש כמות גדולה של סוכרים ופוטנציאל הפקת האתנול ממנה הוא גדול. 

המחקר בא לענות על שני פערי ידע בהפקת אתנול מאצות. האתגר הראשון הוא הקושי בפרוק דופן התא הבנויה מפחמימות מורכבות, כגון צלולוז והמיצלולוז, לסוכרים שאותם מסוגלים מיקרואורגניזמים לצרוך ולהפיק מהם אתנול. לפיכך חלקו הראשון של המחקר בוחן שיטות שונות לביצוע הידרוליזה של האצה לסוכרים ובוחן מהם הפרמטרים הטובים ביותר לביצוע טיפול מקדים והידרוליזה עם  שילובים שונים של אנזימים. 

הפער השני הוא היכולת להתסיס מגוון סוכרים כגון רמנוז, קסילוז וחומצה גלוקרנית לאתנול. מטרת המחקר הינה לבדוק היתכנות לתהליך שייתן מענה לפער ביכולת לנצל את מגוון הסוכרים להפקת אתנול. במסגרת תהליך זה יבוצעו טיפול מקדים והידרוליזה ולאחר מכן תבוצע התססה דו שלבית: בשלב הראשון תסיסה על ידי שמר Saccharomyces cerevisiae שמוגדר כמתסיס הטוב ביותר ותשואת האתנול שלו מגלוקוז היא גבוהה, אך הוא אינו סוגל לצרוך את יתר הסוכרים. בשלב השני נבצע תסיסה  על ידי Escherichia coli מתסיס בעל יכולת לצרוך מגון רחב יותר של סוכרים אך עם תשואת אתנול נמוכה, כך שינוצלו הסוכרים שלא נצרכו בשלב הראשון. בחלק זה נבדק מהי הקומבינציה של S. cerevisiae ו- E. coli המתאימה ביותר לתהליך. לאחר שקיבלנו את תוצאות ההידרוליזה והתסיסה הטובות ביותר בדקנו הפקת אתנול 
תוצאות המחקר הראו שטיפול מקדים גלוקוז הוא הסוכר שנמצא באחוז הגדול ביותר באצה והוא גם הדומיננטי ביותר בתהליך התסיסה. הגלוקוז מתקבל בעיקר בשלב ההידרוליזה האנזימתית כמעט בלי קשר לטיפול המקדים. 
בניסויי התססה דו-שלבית בנפח מעבדתי נמצא שבהתססה בשלב הראשון ולאחר מכן בשלב השני בהתססה סך האתנול שהתקבל מהתססה דו שלבית זאת הוא כ-39 mg ethanol /g DW  , כמות האתנול הגבוהה ביותר מכל הקומבינציות שנבדקו. בתסיסה דו שלבית התקבל הפרש תשואה של 23% יותר אתנול לעומת התססה חד שלבית על ידי S. cerevisiae בלבד. בנוסף אחוז הסוכרים שנצרכו בתהליך הדו שלבי הוא הגבוה ביותר (74%). 

מסקנות המחקר הן ששילוב של טיפול מקדים על ידי חומצה (H2SO4 2%) ולאחר מכן הידרוליזה אנזימתית נותנים את אחוז הסוכרים הגבוה ביותר מאצה יבשה ( 17%סוכר מאצה).
​בהתססה דו שלבית של אצה .Ulva sp  בשלב ראשון על ידי S. cerevisiae ובשלב השני על ידי  E. coli מתקבלת תשואת אתנול גבוהה ב23% לעומת התססה בשלב אחד רק על ידי S. cerevisiae ( mg ethanol/ g DW39.59 לעומת mg ethanol/ g DW30.72)

אוניברסיטת תל אביב עושה כל מאמץ לכבד זכויות יוצרים. אם בבעלותך זכויות יוצרים בתכנים שנמצאים פה ו/או השימוש
שנעשה בתכנים אלה לדעתך מפר זכויות, נא לפנות בהקדם לכתובת שכאן >>